Peserta Program S2 Teknik Sipil UNJANI, membayar biaya pendaftaran sebesar Rp. 500.000,- Biaya Penyelenggaraan Pendidikan (BPP) Program Magister Teknik Sipil Unjani adalah Rp. 10.000.000,-/semester serta biaya penunjang akademik sebesar Rp. 750.000 (bila dinyatakan sudah diterima). Besarnya biaya pendidikan dapat berubah menyesuaikan peraturan dari UNJANI.